化石标本因化石的化学成分、细胞结构和化石保存地层岩石风化程度不同，因此要注意防止化石标本被破坏，一定要采取正确的措施对其进行保护。

化石标本加固方法是进行渗透和粘合，通过化石毛细孔和裂缝向其内部渗透加固液、粘合剂和溶剂的混合液。使用工具通常有刷子、滴管、喷枪和真空泵等。但主要方式是完全浸泡。要使加固液深深地浸入到标本内部，等溶剂挥发后才能获得最好的加固效果。

除了在兴建博物馆时要考虑周围环境，以及内部防尘处理、安装空调设备等外，最重要的是加强陈列柜及标本柜的密封措施。可用硅橡胶或聚氨脂将所有接缝粘接， 用氯丁橡胶条作柜门垫料。并要定期测量飘尘情况，及时采取有效防尘措施。此外，凡是化石标本停留的地方,如加固修理室、照相室等,都要确保清洁。